Структура органів Фондової Біржі ПФТС складається із Загальних Зборів акціонерів, Наглядової Ради, Правління та комітетів.  В період між Загальними Зборами справами ПФТС керує Правління ПФТС.

 З метою розробки та впровадження правил, які регулюють:

• діяльність компаній-членів ПФТС щодо здійснення торгівлі цінними паперами в ПФТС;
• правила та процедури, пов’язані з проведенням розрахунків за угодами, які укладаються в ПФТС;
• розрахунок фондових індексів ПФТС для забезпечення їх максимальної репрезентативності та відповідності поточній кон’юнктурі ринку;

в ПФТС діють: Індексна комісія, Бюджетна комісія, Рада з розвитку фондового ринку, Комітет із стратегії розвитку, Комітет з питань аудиту та Комітет з питань винагород та призначень.