Структура органів Фондової Біржі ПФТС складається із Загальних Зборів акціонерів, Наглядової Ради (та її комітетів), Правління.

В період між Загальними Зборами справами ПФТС керує Правління ПФТС.

З метою розробки та впровадження правил, які регулюють:

• діяльність компаній-учасників торгів ПФТС щодо здійснення торгівлі фінансовими інструментами на ПФТС;
• правила та процедури, пов’язані з проведенням розрахунків за угодами, які укладаються на ПФТС;
• розрахунок фондових індексів ПФТС для забезпечення їх максимальної репрезентативності та відповідності поточній кон’юнктурі ринку;

в ПФТС діють: Індексна комісія, Бюджетна комісія, Рада з розвитку фондового ринку, Комітет із стратегії розвитку, Комітет з питань аудиту, комплаєнсу та управління ризиками та Комітет з питань винагород та призначень.